John Melis ecologie is opgericht in 2008 onder de naam Fryslân Grien. De oprichter en naamgever, was toen nog primair werkzaam in het projectmanagement. De activiteiten binnen RAVON, WARF, WVOF en de Zoogdierwerkgroep waren hobby. In 2009 is de definitieve overstap gemaakt vanuit de ICT naar de ecologie.

De aanwezige kennis van reptielen, amfibieën, vissen en muizen is in de jaren daarna uitgebreid door veel veldwerk uit te voeren als begeleider van specialisten. Ook andere soortgroepen, zoals planten, libellen, kevers, dag- en nachtvlinders en sprinkhanen zijn opgepakt. In 2011-2012 is de Friese zoogdieratlas opgebouwd. In 2012-2015 is met de WVOF hard gewerkt aan de opbouw van een goed verspreidingsbeeld van vissen en is de Friese vissenatlas uitgebracht (Fiskatlas Fryslân, Melis, J. & M. Koopmans). Daarnaast leverde de coördinatie van enkele werkgroepen (WVOF, WHF, KONON Zoogdierwerkgroep, VLEN) en de samenwerking met de FFF veel kennis op.

De kern en de opstart van Fryslân Grien lag voornamelijk in nader onderzoek van vissen, reptielen en amfibieën, muizen en vleermuizen. Sinds 2011 is Fryslân Grien ook betrokken, bij alle ecologische aspecten, bij diverse grote werken van energiebedrijven en waterbedrijven. Het ging hierbij voornamelijk om leidingwerk. Van natuurtoets, via eventueel nader onderzoek van allerlei soortgroepen, tot ontheffingsaanvragen (F-&f-wet)- en vergunningsaanvragen (NB-wet), werkprotocollen en ecologische begeleiding.

Sinds 2015 is Fryslân Grien, met de naamsverandering naar John Melis ecologie (later JM ecologie), ook de markt opgegaan van particulieren en woningcoöperaties. Daarbij wordt elk aspect aangeboden bij sloop, verbouwing, kapwerkzaamheden en herinrichting. Ondertussen zijn ook hierin vele projecten van start tot finish begeleidt.

De naamsverandering was een logisch gevolg van de landelijke bedekking. In 2014/2015 werd al in alle 12 provincies gewerkt, waarbij enkele uitvoerende activiteiten werden uitbesteed aan ervaren lokale zelfstandigen of ervaren tijdelijke medewerkers onder coördinatie van ons eigen personeel. Ondertussen beschikten we over een groot netwerk van specialisten door heel Nederland.

Sinds 2018 is er de keuze gemaakt om met eigen personeel te gaan werken en ons mede te richten op grootschalig vleermuisonderzoek. Met de oprichting van de daarop gerichte opleiding (MasterClass) zijn in de eerste vier jaar ca. 150 mensen opgeleid), en is het bureau gestaag gegroeid.

In 2021 is er een BV-vorming doorgevoerd. Met de drie werkmaatschappijen (JM ecologie b.v., JM laatvliegers b.v. en JM ecomorfose b.v.) hebben we een jong, leuk, groot en ervaren team waarmee we voorlopig klaar zijn voor de komende jaren. Vanwege de enorme groei in het aantal opdrachten werken we decentraal nog wel met externen voor ecologische begeleidingsprojecten.

In de afgelopen jaren is gewerkt voor, en met, vele adviesbureaus, waaronder: Antea Group, Altenburg&Wymenga, Bureau FaunaX, ATKB, Bureau Viridis, BügelHajema Adviseurs, Bureau Aandacht Natuur, Tonckens ecologie, Successie Natuurzaken, Miecon, Bat Attitude, Bionet, Groen Support, DNatuur, Courbois Flora en Fauna Expert, Jasja Dekker dierecoloog, Fauna Futura, Fishtronics en Bureau Waardenburg. Sinds 2015 is JM ecologie b.v. lid van het  Netwerk Groene Bureau’s.